南京军区南京总医院是一所医教研协调发展的大型现代化综合性医院。1994年首批被评为“三级甲等医院”，1995年江泽民总书记为医院题词弘扬白求恩精神，建设现代化医院”。1999年获得“全国百佳医院”称号，2000年在全国医院系统首家设立博士后科研工作站，2011年临床医学专业被批准为全军同类医院中唯一的博士授权一级学科。2002年被批准独立招收博士后。拥有博士研究生培养学科和专业11个，硕士研究生培养学科和专业35个。2003年，医院内科学、外科学被国务院学位委员会、教育部批准为博士学位授予权学科。同年医院荣获“全国拥政爱民模范单位”称号。2004年成为军队博士后管理信息中心。 医院现展开床位1800张。设有52个科室，其中临床科室29个，医技科室17个，职能科室5个。拥有国家重点学科1个，国家（全军）临床药理基地1个；全军医学研究所4个，国家药物临床试验机构1个，全军“十五”重中之重学科2个，全军器官移植及肾脏病重点实验室2个，全军医学检验中心1个，全军优生优育指导中心1个；军区级医学研究所2个，军区级医学专科中心10个；江苏省医学重点实验室2个，江苏省重点学科5个，江苏省实验动物清洁级（大小鼠）基地1个，江苏省卫生厅“科教兴卫工程”临床医学中心2个，江苏省科技厅临床医学研究中心2个。设有临床科实验室18个，ICU、CCU病房8个。拥有国家、军队、江苏省重点学科以上的科室34个，占全院学科总数的65%。